上小阿仁村は、秋田県のほぼ中央に位置する南北に長い山あいの村です。
太平山に源を発する小阿仁川が村の中央を北に流れ、途中、五反沢川、仏社川などの支流を合わせて米代川へと流れていきます。
北部は平地で南部は山林が多く、総面積(256.72平方キロ)の92.7％が山林原野で占められ、うち75％が国有林となっています。