愛南町は愛媛県の最南端に位置し、北は篠山から観音岳を経て由良半島に至る稜線で津島町（現・宇和島市）と東は松田川支流の篠川で高知県の宿毛市と接している。西は内海湾、南は宿毛湾に面しています。

町域の大部分を占める山地がそのまま海に落ち込み、リアス式の複雑な海岸線を持つ。中央を大きく弧を描くように流れる僧都川の河口部に平地が小さく開けており、役場のある城辺地区もここにあります。

海岸部は足摺宇和海国立公園の一部となっています。