加茂郡坂祝町に残る遺跡や古墳などから、この地方に古くから集落が形成されていたことが分かっています。

平安時代の中期に編集された「延喜式神名帳」（西暦927年）の中には、「坂祝神社」の名を見ることもできます。 明治30年4月1日、酒倉・大針・黒岩・深萱・勝山・取組・深田の7ヶ村が合併した際、この神社名にちなんで坂祝村としました。

深田地区は昭和25年、加茂郡太田町（現美濃加茂市）に編入されました。 さらに昭和43年10月1日、町制施行により、坂祝村から坂祝町となり、県下で51番目の町として誕生しました。