南あわじ市は、南北に長い地形の淡路島の南部に位置し、兵庫県域の約2.7％を占めています。南部と西部はそれぞれ紀伊水道、播磨灘に面し、北部の先山山地、南東部の諭鶴羽山地、西の南辺寺山塊に囲まれ、中央部には三原平野が広がっています。また、紀淡海峡には、周囲約10キロメートル、人口約500人の沼島が浮かんでいます。
　神戸市から60キロメートル圏、大阪市から80キロメートル圏にあり、市の中央を走る神戸淡路鳴門自動車道によって、明石海峡大橋を経て神戸へ約60分、大阪へ約90分、また、大鳴門橋を経て徳島へ約40分の距離にあります。