直島町の「直島（なおしま）」という地名は、保元の乱で敗れた崇徳上皇が讃岐へ配流される途中、この島に立ち寄られたとき、島民の純真素朴さを賞して命名されたと伝えられています。
徳川時代には、幕府の天領（直轄地）となり、瀬戸内海の海上交通の要衝を占め、海運業や製塩業の島として栄えました。大正6年になると三菱鉱業、現在の三菱マテリアル株式会社　直島製錬所が設立され、以来、島は飛躍的な発展を遂げてきました。さらに、平成元年には、福武書店、現株式会社　ベネッセホールディングスが直島文化村構想の一環として国際キャンプ場をオープン。その3年後にはベネッセハウスを開設するなど、文化性の高い島としても発展してきています。
明治23年5月に直島村となり、昭和29年4月1日、町制の施行により直島町となり、現在に至っています。