瀬戸内町は、鹿児島市の南方約420kmの洋上に浮かぶ奄美大島の最南端に位置し、大島海峡をはさんで加計呂麻島、請島、与路島の有人3島を含む、総面積約240平方キロメートルに及ぶ行政区域を有している。

面積の約87％が山林で占められ、いずれも300～400mくらいの山岳地が連なり、急傾斜となって海岸に迫っている。沿岸には56の集落が点在している。

海岸線は典型的なリアス海岸を形成し、水深の深い入江が多く、水産業や避難港としても利用されている。気候は亜熱帯海洋性で年間を通して温暖多雨である。また、台風の常襲地帯として知られている。