小国町は九州のほぼ中央、熊本県の最北端、阿蘇外輪山の外側にあり筑後川の上流に位置しています。東西北部を大分県、南部を南小国町と隣接し、東西 18 ㎞、南北 11 ㎞で総面積 136.72k ㎡。その総面積の 74％は山林が占めた農山村地域です。自然は九州山脈の屋根に位置しているため変化がはげしく、夏は涼しく冬は厳しい高冷地帯（平均気
温 13℃）であり、雨も多く年間降雨量は 2,300㎜、多雨多湿で森林の成育に適しています。『小国富士』と呼ばれる湧蓋山が海抜 1,499mで小国町の中で一番高く、逆に一番低いのは海抜 320m の杖立です。
熊本県の極北は、小国町大字下城字田の尻（北緯 33°11’ 43”）です。