阿蘇市は、熊本県の北東部、阿蘇地域の中央部に位置しており、熊本県と大分県の県境を有し、大分県の２市を含めて８つの市町村と隣接しています。市域は、東西約30km、南北約17km、面積は約376平方kmです。

地形は、阿蘇五岳を中心とする世界最大級のカルデラや広大な草原を有し、比較的平坦地の多い阿蘇谷と、それを取り巻く阿蘇外輪地域で形成されています。市の大部分が阿蘇くじゅう国立公園内にあり、野焼きに代表される人と自然の共生によって守られてきた広大な草原や、オオルリシジミをはじめとする阿蘇特有の希少動植物など、豊富な自然と様々な地域資源に恵まれています。これらの地域資源は、世界的に高く評価され、世界ジオパーク及び世界農業遺産に認定されています。