御船町は熊本市の東南16.6kmに位置し、方位は東経130度48分、北緯32度42分、東西約20km、南北約10kmに広がり、北は益城町、東北は阿蘇郡西原村、東は山都町、北西は嘉島町、西は熊本市、南は美里町、南西は甲佐町と隣接しています。