小谷村は、長野県の最西北部に位置し、東は東山から天狗原に連なる稜線をもって長野市と新潟県妙高市に接し、西は白馬連峰を境として富山県に接し、南は白馬村、北は糸魚川市に接しています。

村の面積は267.91平方キロメートルで、東西14キロメートル、南北20.5キロメートルに及んでいます。村の中央を日本海に北流する姫川が流れ、これを底辺に標高1,600～2,800メートルの高山が連なり、これに囲まれた急峻な峡谷型の地勢となっています。この姫川に沿って縦断する糸魚川静岡地質構造線により、もろくて弱い地質地帯が広範囲に及んでいます。

東側は地味が豊かですが地勢がぜい弱で、西側は比較的緩斜面が続くため高原的景観を有し、良質なスキーゲレンデがつくられています。

村の面積の88パーセントを森林が占め、耕地はわずかに2.1パーセントと少なく、姫川とその支流の中谷川、土谷川に沿って53の集落が散在しています。この姫川沿いにJR大糸線と国道148号が村の中央を走り、重要な交通機関となっています。