阿智村は下伊那郡の西南に位置し、西は中央アルプスの恵那山を境として岐阜県および木曽郡に接し、東は飯田市、下條村、南は阿南町、平谷村に接しています。恵那山、富士見台高原および大川入山から深い谷間をぬって大小の河川が流れ阿智川および和知野川となって天竜川に注いでいます。
標高410メートルから2191メートルまでの山間地に56の集落が点在しています。