島原市は、長崎県の南東部にある島原半島の東端に位置しており、その面積は82.96平方キロメートルで、島原半島の約18％を占めています。
中央部の眉山（標高818.7m）を中心として東側の有明海へ伸びる傾斜地となっています。眉山の東斜面には1792年の大規模崩壊跡があり、崩壊下部より九十九島周辺の海域にかけては多数の流山が分布しています。
また、眉山の背後には、平成2年に198年ぶりに噴火した雲仙・普賢岳があり、その溶岩ドームは平成8年に「平成新山」と命名されました。