長崎県南部、島原半島の北西部に位置し雲仙普賢岳を取り巻くように位置しており、西岸に橘湾、東岸は有明海に面しています。
総面積は２１４．３１㎢で県全体の５．２％を占めています。
気候は温暖多雨の恵まれた条件にあります。
また、本市内の一部は日本最初の国立公園である雲仙天草国立公園に指定されているように、県内でも有数の観光地でもあります。
なお、本市は平成１７年に国見町、瑞穂町、吾妻町、愛野町、千々石町、小浜町、南串山町の７町により合併し、雲仙市となっています。