面積137.03平方キロメートルの町域を有する高野町は、伊都郡の東南高地に位置し、東南部は奈良県、南西部はかつらぎ町、北部は九度山町、橋本市と接しています。
海抜200メートル～1100メートル級の連峰が累積し、総面積の90％以上を山林が占めています。
また高野町の気象状況は、地域によって多少異なっていますが、平均気温10.4度、年間降水量約2000ミリメートルにも達します。 この条件のもと、霊峰高野山を中心として大小あわせて19の地区が山あいの狭小な平地に点在する、特異な形態の町です。