大蔵村の総面積は211.63平方キロメートルで、そのうち山林面積が180平方キロメートル、全体の85パーセントを占めています。
本村南方は、標高1,984メートルの月山と、さらに標高1,462メートルの葉山がそびえ、それらの山々を源にする銅山川と赤松川が村を貫き、やがて母なる大河最上川に合流し、村の中心部清水地区の美しい田園地帯をゆっくりと流れています。
村の中央部を南北に走る国道458号に沿って、27の集落が点在しており、山村としては珍しく、広々とした台地が各処にあり、農耕地や酪農地として利用されています。
大同2年の開湯以来1200年の歴史をもつ肘折温泉郷は、数度にわたる爆発を繰りかえした肘折火山のカルデラの部分に当たり、周囲は比較的岩肌の多い山々で、独特の景観を呈しています。
肘折温泉よりさらに南進すると、地蔵倉洞窟や大規模なブナ林などがあり、温泉客の格好の散策コースとなっています。