木祖村の面積の大部分は山林が占めています。

村の面積140.50平方キロメートルの内、山林面積は123平方キロメートル、林野率は87.66%　林野面積の内78.4平方キロメートルが国有林です。
耕地面積および可住地面積は4.08平方キロメートルと全体の2.9%しかありません。


木祖村の気候は中央高地特有で寒暖の差が激しく、また降水量の多いことが特徴です。

過去に記録されている最低気温はマイナス23.4度であり、年間平均気温は、平成24年では8.4度と冷涼な地帯とされていますが、年間における寒暖の差は激しいものがあります。
また、一日においても、平成24年4月は、最高気温25.6度、最低気温－8.6度と、気温の差の厳しいものがあります。
平成24年の年間降水量は、1,862mmと多雨の地帯ですが、平成17年には1,245mmと、1,000mm以上も降雨量の少ない年となりました。