鳴門市内には、原始から古代にかけての文化のあけぼのを物語る遺跡が数多く残されています。

7世紀の大化の改新で国・郡・里の制度が整えられたころ、市域は阿波国板野郡に属していました。

室町時代には細川氏が、戦国時代には三好氏が阿波を支配。市内には林崎城・木津城・土佐泊城などが築かれました。

天正13年（1585年）には、蜂須賀家政が領主となり妙見山上に撫養城（岡崎城）を築き、林崎浦はその城下町として発展しました。

明治22年に町村制が敷かれ、市域内に撫養町と里浦・嗚門・瀬戸・大津・北灘・堀江・板東の7か村が生まれ、翌年から板野郡に含まれました。

昭和22年、撫養町・里浦村・鳴門町・瀬戸町の4か町村が合併し、人口43,000人の鳴南市が誕生。2カ月後、市名を鳴門市に改称しました。

その後、広域行政を進めるために昭和30年に大津村を、翌31年に北灘村を、さらに42年に大麻町を編入して現在の市域となりました。