南巨摩郡南部町は、県庁所在地の甲府市より南へ約60キロメートル離れた山梨県の最南端に位置し、北東から南西方向へ約21キロメートル、北西から南東方向へ約16.5キロメートルで、総面積は200.87平方キロメートル、県土の約4.5パーセントを占めている。

北側は身延町、東・南・西側の三方は静岡県(富士宮市、静岡市)に接した県境の町である。

また、国道52号、JR身延線など山梨県と静岡県を結ぶ主要幹線が地域内を貫いており、静岡県から山梨県にアクセスする際の玄関として交通の要衝となっている。

周囲西側には十枚山(1,726メートル)、篠井山(1,394メートル)、仏谷山(1,503メートル)、青笹山(1,555メートル)、北東には天子ヶ岳(1,330メートル)、長者ヶ岳(1,335メートル)、思親山(1,030メートル)、南に貫ケ缶(897メートル)、東に白水山(811メートル)、白鳥山(567メートル)と緑豊かな山々が連なり、その山あいに源を発した清水は、戸栗川、船山川、中村川、佐野川、楮根川、福士川、万沢川となって町の中央を貫流する日本三大急流の一つ富士川に注いでいる。

また、これらの河川に沿って集落が点在し、中山間地特有の景観を形成している。